تصنف البروتينات نسبة الى تركيبها الكيميائي وقابلية ذوبانها . ويوجد نوعان رئيسان للبروتينات هي :
 ـ البروتينات البسيطة Simple proteins  :   وتصنف أنواعها على أساس قابلية ذوبانها .
 ـ البروتينات المقترنة  Conjugate proteins:   وتصنف أنواعها على أساس نوع المجموعات غير البروتينية المرتبطة بها .
 

 وهي البروتينات التي لا ينتج حموضا ً أمينية فقط عند تحللها . وتشمل الأنواع الآتية :

 ـ هستونات  Histones : تذوب في الماء ، وتوجد متحدة مع الأحماض النووية .

ـ سكليروبروتينات Scleroproteins  : تقاوم المذيبات . وتتألف في الأنواع الآتية :

ـ  كيراتين  Keratin : يوجد في الشعر ، الأظافر ، حوافر وقرون الحيوانات . 

ـ  كولاجين  Collagen : يوجد في الجلد والعظام . 

ـ الاستين  Elastin : يوجد في الأنسجة الرابطة والمفاصل .
 

وهي البروتينات المرتبطة بمواد غير بروتينية كالسكريات والدهون والمعادن . وتشمل الأنواع الآتية :

ـ غلايكوبروتينات Glycoproteins :  ترتبط بالكربوهيدرات ، وتوجد في الهرمون المنبه للجراب .
ـ  كروموبروتينات Chromoproteins : ترتبط بجزء غير بروتيني  يعطي البروتين لونا ً خاصا ً ، ومن الأمثلة عليها :

                                                * الهيموغلوبين ، ويحتوي على الحديد أحمر اللون .
                                                *  الكلوروفيل ، ويحتوي على المغنيسيوم أخضر اللون .

ـ ليبوبروتينات  Lipoproteins:  ترتبط بالليبيدات ، وتوجد في الأغشية الخلوية ، بعض   الفيروسات ، ومصل الدم .

ـ بروتينات النووية  Nucleoproteins : ترتبط بالحموض النووية ، وتوجد في نواة الخلية ، السيتوبلازم ، والفيروسات .