يوجد في الحموض الأمينية مجموعة حمضية (COOH) وأخرى قاعدية (NH₂) ، ويحصل بينهما تفاعل تقدم فيه المجموعة الحمضية بروتون للمجموعة القاعدية ويطلق على الناتج اسم الأيون المزدوج ، وتوجد الحموض الأمينية في حالتها النقية على شكل أيون المزدوج ، تترابط فيما بينها بروابط أيونية ، وهذا يفسر:
ـ ذائبيتها في الماء.
ـ ارتفاع درجات انصهارها.